Novos inimigo e novas Sailors procuram pelos três talismãs que, quando unidos, invocam o Taça Lunar que dá ao usuário, o poder de salvar ou destruir o mundo. As novas Sailors são muito mais fortes. Sailor Urano seu nome é Hakura Tenoh e Sailor Netuno é Michiru Kaioh elas são muito dedicadas a sua missão e não hesitariam em sacrificar suas próprias vidas para encontrar os talismãs e assim evitar a destruição do mundo.
O novo inimigo, Caçadores da Morte, é liderados pelo professor Tomoe e Kaolinite, eles são cientistas que procuram reunir os talismãs que se encontram dentro dos corações puros que algumas pessoas possuem. Eles usam ovos de daimon para criar demônio para atacar as pessoas e pegar os corações de cristal.
Tudo começa recebendo visões do Silêncio, que acontecerá se os talismãs caírem nas mãos dos Caçadores da Morte, que as sailors urano e netuno querem impedir. As Sailors entram em contato com os Caçadores da Morte e com os cristais do coração. O podere de Serena é muito fraco diante dessa nova ameaça, mas com o poder do amor entra ela e Darien, ela ganha um novo broche de transformação mais poderoso e um cetro novo. As novas Sailors não gostam que as outras Sailors interfiram em sua missão e também acham que elas não tem coragem reunir os talismãs e salvar a Terra, pois quando um talismã é removido a pessoa que o possuía morre.
O desenvolvimento da relação entre Hakura e Michiru com as outras garotas e também a relação de Sailor Moon e suas amigas com Sailor Urano e Sailor Netuno é muito dificil. Muitos cristais são dirados das pessoas que tem o coração puro porém nem um deles tem o talisma nem o da Serena possui o talisma
As Sailors descobrem as identidades umas das outras. Eudial , uma integrante dos Caçadores da Morte, também descobre suas identidades secretas e a partir desta informação ela descobre que Hakura e Michiru carregam um talismã cada. Elas quase morrem, mas Setsuna Meiou a Sailor Plutão, chega e diz que ela é a que possuí o terceiro talismã. Ela também salva Sailor Urano a e Sailor Netuno. Os três talismãs são unidos e com isso invocam a Taça Lunar e ao tocá-lo Sailor Moon se transforma temporariamente em Super Sailor Moon.
Tomoe Hotaru, filha do professor Tomoe , fica amiga de ChibiMoon. O professor Tomoe inseriu dentro de Hotaru quando esta ainda era um bebe uma entidade maligna chamada Mistress 9. Sailor Urano e Sailor Netuno descobrem que Hotaru é na verdade Sailor Saturno, o soldado da destruição que está destinado a acabar com a Terra, e tentam matá-la. Porém, Sailor Moon e suas amigas intervêm e Hotaru consegue escapar. No entanto Hotaru não se torna Sailor Saturno como Sailor Urano e Sailor Netuno temiam; depois de absorver o cristal da raptada ChibiMoon, ela na Mistress 9, uma Caçadora da Morte
Sailor Urano, Netuno e Pluto tentam se infiltrar na escola onde Mistress 9 se encontra, mas só Urano e Netuno conseguem fazê-lo graças ao sacrifício de Sailor Plutão. Dentro da escola, elas usam seus talismãs para destruir o daimon que possuía o professor Tomoe. Elas também tentam matar a Mistress 9, mas Sailor Moon se põe na frente do ataque dizendo que Hotaru ainda está viva. Mistress 9 consegue fazer com que Sailor Moon dê o Master Pharoah, ela usa o seu poder para trazer o Master Pharoah 90 para a Terra. Ao fazer isso o Pharaó é destruído. Mistress 9 então é atacada por Pharaó 90. Enfraquecida, ela não mais aprisionar a alma de Hotaru e ela perde o controle sobre o corpo. Hotaru então se torna Sailor Saturno e depois de devolver o cristal de ChibiMoon vai para a batalha com Pharaó Sailor Moon usa o poder de suas amigas para se transformar em Super Sailor Moon e vai ajudar Sailor Saturno. No final,Pharaó é destruído e a paz retorna ao mundo. Hotaru renasce como um bebe e volta para o seu pai. Michiru e Hakura, depois de lutarem com Serena e a reconhecerem como sua princesa, partem.